Het College van Bestuur van PCOU Willibrord geeft leiding aan de schoolleiders en managers van de adviserende en ondersteunende teams van Onderwijs- en Organisatieondersteuning (O&O). De voorzitter van het bestuur is mw. drs. F.M. (Fawzia) Nasrullah. Plaatsvervangend bestuurder is J.L (Jan) Aalberts met als focus de professionalisering van de bedrijfsvoering.
De raad van toezicht houdt toezicht op het beleid en handelen van het college van bestuur en fungeert als adviseur en klankbord van het bestuur.